Программы Союзного государства — один из базовых элементов взаимодействия сторон. Фактически на программы Союзного государства используется порядка 90% средств союзного бюджета.

Если первый бюджет Союзного государства в 2000 году составлял 1,7 млрд. российских рублей, то к 2012 году он вырос до 4,8 млрд. российских рублей.

В целом Союзным государством было профинансировано свыше 60 совместных программ и мероприятий. Среди них такие важные для союзного строительства как:

• программа первоочередного развития таможенной инфраструктуры пограничных пунктов таможенного оформления (пунктов пропуска) на территории Республики Беларусь;
• программа «Развитие дизельного автомобилестроения» (завершена в 2004 г.) и «Развитие дизельного автомобилестроения до 2008 года» (завершена в 2008 г.). По ходу их реализации разработаны конструкции, освоено производство и созданы мощности по выпуску современных дизельных двигателей и большегрузных автомобилей, соответствующих требованиям Евро-2 и Евро-3;
• две программы совместной деятельности по преодолению последствий чернобыльской катастрофы в рамках Союзного государства;
• программы «Космос-БР» (2000 г.), «Космос СГ» (2007 г.). Мероприятия программы охватили четыре научно-технических направления. В выполнении программы задействованы более 40 российских и белорусских предприятий, десять академических институтов и четыре высших учебных заведения;
• суперкомпьютерная программа «СКИФ» (2004 г.), Суперкомпьютерная программа Союзного государства «СКИФ-ГРИД»;
• программа «Современные технологии и оборудование для производства новых полимерных и композиционных материалов, химических волокон и нитей на 2008–2011 годы»;
• программа «Разработка нанотехнологий создания материалов, устройств и систем космической техники и их адаптации к другим отраслям техники и массовому производству»;
• программа «Развитие и внедрение в государствах — участниках Союзного государства наукоемких компьютерных технологий на базе мультипроцессорных вычислительных систем» и другие.

При этом при подготовке программ ставится задача произвести продукт не только соответствующий мировому уровню, но и опережающий его. В программах участвуют десятки производственных и научных коллективов двух стран. Результат — внедрение образцов новой техники и технологий. При этом используется и такая форма как частно — государственное партнерство. Научно-исследовательские работы финансируются из Союзного бюджета, а освоение производства — за счет внебюджетных ресурсов. На научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы расходуется до 40% средств Союзного бюджета.

Основу инноваций составляют следующие направления:

• информационно-телекоммуникационные системы и технологии;
• индустрия наносистем и материалов;
• медицина и фармация;
• энергетика и энергосбережение, новые источники энергии;
• безопасность и противодействие терроризму;

и следующие технологии:

• ресурсосберегающие и энергоэффективные технологии производства конкурентоспособной продукции;
• производство и переработка сельскохозяйственного сырья;
• безопасность и контроль качества сельскохозяйственного сырья и пищевых продуктов;
• промышленные биотехнологии.

В 2012 году Союзное государство профинансировало 13 программ и 27 мероприятий на общую сумму 3,8 млрд. российских рублей.

Все вышеперечисленные направления нашего взаимодействия являются важными и направлены на главную цель — повышение благосостояния граждан Беларуси и России.

В бюджете Союзного государства на 2012 год финансировались совместные программы и мероприятия по следующим основным направлениям: фундаментальные исследования и содействие научно-техническому прогрессу, промышленность, энергетика, строительство, сельское хозяйство, транспорт, связь и информатика; военно-техническое сотрудничество, правоохранительная деятельность и обеспечение безопасности Союзного государства; социальная политика, здравоохранение и физическая культура, образование, культура, СМИ; функционирование органов Союзного государства.

В 2013 году планируется профинансировать 11 союзных программ на сумму 2.7 млрд. российских рублей по актуальным направлениям союзного строительства.